Situata nell’area dell’antica Vaita Filittèria, il quartiere bizantino della Spoleto medievale, la chiesa venne consacrata nel 1174, come ricorda un’iscrizione interna, divenendo una delle chiese parrocchiali della città. E’ intitolata ai Santi Giovanni e Paolo, due fratelli vissuti nella Roma del IV secolo d.C., martirizzati sotto l’imperatore Giuliano l’Apostata. Per la sua costruzione furono utilizzate pietre conce e materiale di spoglio di epoca romana. L’esterno, di linee molto semplici, è impreziosito nel muro sinistro da un grande affresco raffigurante la Madonna e quattro Santi datato al XIII-XIV secolo, purtroppo assai rovinato; l’interno è ad aula unica con presbiterio rialzato e cripta, oggi non più accessibile. L’essenzialità della struttura è arricchita dall’eccezionale decorazione pittorica, databile tra il XII e il XVI secolo. I numerosi affreschi che ornano le pareti non appartengono ad un unico ciclo decorativo, ma rappresentano vari soggetti realizzati in momenti differenti. Molti di essi hanno carattere votivo, e sono stati realizzati in segno di riconoscenza per una grazia ricevuta o per celebrare figure religiose a cui il committente era particolarmente legato. Particolarmente degno di nota è un affresco ubicato nel muro sinistro che rappresenta il Martirio di Thomas Becket da Canterbury, databile al primo quarto del XIII secolo. Esso è uno dei più antichi esempi raffiguranti la scena dell’assassinio del vescovo inglese e si riferisce alla controversia tra quest’ultimo e il Cancelliere del regno d’Inghilterra Enrico II. La vicenda, tuttavia, può essere collegata ad un fatto di storia locale: la lotta tra Papato ed impero per il possesso del Ducato di Spoleto.